Bij het Programma 'Naar een rijke Waddenzee' werken de volgende landelijke en regionale partijen nauw samen:
- het Ministerie van LNV
- het Ministerie van VROM
- het Ministerie van VenW / Rijkswaterstaat
- rijk, provincies, gemeenten en waterschappen verenigd in het RCW (Regionaal College Wadden)
- de Coalitie Wadden Natuurlijk: de Waddenvereniging, Natuurmonumenten,
- Vogelbescherming, Stichting WAD, Staatsbosbeheer, Groninger Landschap, It Fryske Gea en het Noord-Hollands Landschap en
- een toenemend aantal betrokkenen.