Het Nederlandse beleid ten aanzien van het waddengebied is vastgelegd in de Derde Nota Waddenzee. Deze nota heeft de procedure van een Planologische Kernbeslissing (PKB) doorlopen. De Derde Nota Waddenzee werd in 2006 opnieuw vastgesteld door de Regering en de Eerste en Tweede Kamer. Vanaf februari 2007 is de Derde Nota Waddenzee rechtsgeldig geworden. Hierin is ook het nieuwe beleid ten aanzien van gaswinning en visserij in de Waddenzee vastgelegd.
Voor Nederland heeft de Derde Nota Waddenzee betrekking op alle grond die bij vloed vanuit de Waddenzee onderloopt. Dit is inclusief de kwelders (zoals de Boschplaat op Terschelling en Nieuwlandsreid op Ameland), strandvlakten (zoals de Hors op Texel en het Rif bij Schiermonnikoog) en onbewoonde eilanden, zoals Rottumeroog en Griend. Het Noordzeestrand op de eilanden en buitengaatse zandplaten zoals Noorderhaaks vallen buiten het beschermde gebied.
Uitwerking Derde Nota Waddenzee
Er zijn verschillende documenten waarin dit beleid verder wordt uitgewerkt, onder anderen via de instelling van het Staatsnatuurmonument Waddenzee (vallend onder de Natuurbeschermingswet), de Structuurnota Kust- en Zeevisserij, het Interprovinciaal Beleidsplan Waddenzee en het nieuw op te stellen Beheer en Ontwikkelingsplan voor de Waddenzee. Voor het toezicht en de handhaving van de wetten en regels is een aantal inspectievaartuigen op het wad actief.
De Waddenzee is voor 90 procent aangewezen als Staatsnatuurmonument. Menselijke activiteiten moeten passen in dit natuurbeschermingsbeleid. Dat betekent dat rekening wordt gehouden met de effecten van menselijke activiteiten op natuur- en landschappelijke waarden. Ongewenste effecten van menselijke activiteiten worden daarbij vermeden.
Binnen het PKB-gebied zijn de gebieden in verschillende mate beschermd. Het strengst beschermd zijn de staatsnatuurreservaten: in artikel-17 van de Natuurbeschermingswet staat dat deze gebieden niet vrij toegangelijk zijn. Daarnaast zijn er gebieden die vallen onder het mildere artikel 16 van de Natuurbeschermingswet. Daar mag iedereen komen, maar activiteiten die de natuur duidelijk verstoren kunnen worden geweerd. En tenslotte zijn er de druk bevaren vaargeulen en dergelijke, die niet onder de Natuurbeschermingswet vallen. Op deze gebieden zijn alleen de algemene bepalingen van de Derde Nota Waddenzee van kracht en de regels van Provincies en Gemeenten.
Het Staatsnatuurmonument Waddenzee is door het Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit in 1996 aangemeld onder de Habitat-richtlijn van de Europese Unie.
In de Structuurnota Zee- en Kustvisserij zijn belangrijke bepalingen voor de visserij in het waddengebied vastgelegd. Een kwart van de wadplaten is permanent gesloten voor de mosselzaadvisserij en de mechanische kokkelvisserij is inmiddels geheel verboden. In de voedselarme jaren moet worden vastgesteld of er genoeg