De beheerders van de Waddenzee moeten voortdurend reageren op de veranderingen in het gebied. Die veranderingen doen zich voor in de natuur, maar ook in menselijke activiteiten. Als de overheid een besluit moet nemen is dat gebaseerd op de meest recente en volledige kennis en gegevens. Met name gegevens die nodig zijn om het effect van beheersmaatregelen te kunnen meten zijn interessant. Voor het verzamelen van die gegevens vindt veel onderzoek plaats. Een van de onderzoeksmethoden is monitoring, het systematisch en periodiek waarnemen van ontwikkelingen in het milieu of het gebruik van de Waddenzee. De belangrijkste doelen van monitoring zijn: - krijgen van goed inzicht in de situatie van het ecosysteem en het menselijk gebruik; - toetsen in hoeverre de huidige staat van het ecosysteem en menselijke activiteiten afwijken van vastgestelde normwaarden; - bepalen in hoeverre ontwikkelingen in het ecosysteem of menselijke activiteiten vastgestelde beleids- en beheerslijnen volgen. Er zijn monitoringprogramma's voor het Nederlandse deel van de Waddenzee, de internationale Waddenzee en de Waddenzee als onderdeel van de Noordzee. Nationale monitoringprogramma's zijn het fysisch, chemisch en biologisch meetnet (Monitoring Waterstaatkundige Toestand des Lands (MWTL)) en het biologisch meetnet voor schelpdieren, vis, vogels en zeehonden. Recreatiemonitoring gebeurt in een proefproject. Verder zijn er specifieke programma's voor het volgen van emissies in zoetwater, oppervlaktewater en lucht. In het kader van de trilaterale samenwerking tussen Nederland, Duitsland en Denemarken is in 1994 een gezamenlijk monitoringprogramma gestart voor de hele Waddenzee (Trilateral Monitoring and Assessment Program (TMAP)). Het wordt dit jaar geƫvalueerd. De Waddenzee als kustzee wordt gemonitord volgens het Joint Monitoring and Assessment Program (JAMP) in het kader van de Parijse Commissie. Dit is vooral een chemische monitoring.